その後、武田氏時代には当然伊那谷支配の拠点にふさわしく整備されたことでしょう。つづく毛利・京極氏の時代には、織豊系城郭プランによる大改修が行われて城の範囲も拡大したと考えられます。城下町も背後の台地上に本格的に整備されるようになりました。そして、こうした整備は小笠原氏や脇坂氏へと引き継がれたのでした。
【飯田城ガイドブックより】
飯田城は、各曲輪の入口に枡形がつくられています。枡形には、曲輪の外にある「外枡形」と、内にある「内枡形」の二種類がありますが、飯田城では、二の丸・出丸・本丸への入口が外枡形であるのに対して、城内（三の丸）への入口にあたる追手門・不明門は内枡形、また城下町への出入口3ヶ所（伝馬町・土井・箕瀬）内枡形でした。
飯田城は、どうしてこれほどまでに破壊されてしまったのでしょうか。
これについて、次のような説があります（鈴川博『消された飯田藩と江戸幕府』）。
飯田城主11代堀親義（ほり ちかのり）は、最後の将軍徳川慶喜の側近として、京都守護職の会津藩主（福島県）松平容保（まつだいら かたもり）のもと、京都見廻役頭あるいは奏者番として京都の治安を守りましたが、その配下にあったのが有名な新撰組です。新撰組は薩摩藩や長州藩などの勤皇の志士を退けようと見張り、襲撃もしました。そして、1867年（慶応3）の坂本龍馬の暗殺や、1869年9月の長州藩出身の明治政府高官である大村益次郎（山県有朋の直属上司）の襲撃と殺害にも、元飯田藩の関係者が参加したという説があります。そのため、飯田藩は明治新政府から睨まれていたのです。それに加えて、1884年（明治17）12月には明治政府の転覆を計画した「飯田事件」が起こりました。
ですから、明治政府は堀飯田藩の史跡ばかりか、その輝かしい歴史までも抹殺しようとしたというのです。
飯田城の取り壊しは、全国の他の城に比べても徹底したものでした。
本格的な取り壊しは1871年7月からの数ヶ月間ですが、その前年には伝馬町の枡形にあった48本の杉の巨木「いろは杉」が切り倒され、「にせ二分金」による損害の穴埋めをするために売られました。
1872年2月11日、飯田城郭を受け取りにきた元長州藩士（山口県出身）の山県頼介は、以後しばらくは城門を閉めさせて、元飯田藩士だった安東欽一郎（あんどうきんいちろう、柳田國夫の義父 直平と安東貞美の実兄）と菱田鉛治（ひしだえんじ、菱田春草の父）に城の管理を任せました。
10月1日には、ついに本丸の建物など全てが取り払われました。
現在残るもっとも古い飯田城の絵図は、下伊那教育会にある脇坂氏時代の絵図です。
本丸には平屋建てを主とした御殿と小さな櫓が建っているだけです。しかし、飯田城にはそれ以前に天守閣があった、という説が、江戸時代の中ごろの書物（「信州伊奈郷村鑑」「信陽城主得替記」「飯田記」など）の中に書かれています。そして、郷土史を研究してきた先生の中にも、それを支持する考えがあります（平沢清人『飯田城と近世の飯田城』1972など）。
天守閣があったはずだとする理由は、おおよそ次の通りです。
豊臣秀吉に命じられて飯田城主となった毛利秀頼・京極高知は、ともに秀吉の信頼が厚い側近でした。秀頼は「羽柴」の称号と「豊臣」の姓を授かっていたほどですし、高知の姉は秀吉の側室となっていました。飯田城主毛利・京極氏の10万石に対して、松本城主の石川氏は8万石、諏訪の高島城主の日根野氏は3万5千石であるのに天守閣をつくっています。ですから、毛利・京極氏が天守閣をつくらなかったはずがないというのです。
さらに古い書物には、飯田城の天守閣を松本城へ移した、ということが書かれています。飯田城主であった小笠原秀政が1613年（慶長18）に松本城主となるとき、飯田城の天守閣を解体して運んだというのです。
松本城には、5重6階の大天守に、3重4階の乾子天守がついた形となっています。この乾子天守がもとは飯田城の天守閣で、山伏丸のあたりにあったのでは、という説があります。
本丸の南下にある県営住宅の西側にあった番所です（水の手町）。三方には石垣を高く積み上げ、外側に上の堀と呼ばれる水堀がありました。番所の東端に門があって、水堀に木橋がかけられ、また水堀の外側には杉の大木が並んでいました。
銀座通りの東側にあった水堀（北堀・南堀）から、桜丸と出丸に接するまでの広い範囲が三の丸の曲輪でした（追手町1丁目・主税町・常盤町及び追手町2丁目の一部）。現在、商工会館・バスターミナル他、民家や商店などがあります。
飯田城は戦国時代、長らく武田家の支配下でした。NHK大河ドラマ「風林火山」も放映されていることもあり、信玄ゆかりの地を紹介したいと思います。ご興味のある方は、訪れてみてはいかがでしょうか。
◆ 信玄塚・信玄の宝篋印塔（根羽村）
信玄公は、三河国野田城（愛知県新城市）攻略の後、鳳来寺にて肺肝の療養をしていたが、病状が思わしくなく、田口・津具を経て甲斐国へ引き返す途中、元亀4年（1573）4月12日、53歳にて、ここ”ねばね”の上村において他界された（「甲陽軍鑑」より）。
その折風林火山の旗を横にしたのでこの地を横旗という。根羽村史跡信玄塚はこれより下方五十メートルの所に有る。
寛文年間（1661〜1673）の頃、信玄公百年目の遠忌に際し供養のため、この宝篋印塔を建立した。降って宝歴（1751〜1764）の頃、横旗・中野・砦の三部落の人々によって武田神社として祀られた。
この宝篋印塔は、昭和28年池上年氏の鑑定により、室町時代末期の型式をそなえ、城主・大名級のものであるとされている（根羽村教育委員会）。
◆長岳寺・信玄公供養灰塚（阿智村）
長岳寺は、武田信玄公を火葬にした寺として由緒ある寺。信玄公は野田城攻めの最中に肺患を得、病が重くなり三河から信州伊那を経ての帰途、元亀4年、天正元年4月12日信州伊那の郷、駒場の山中で落命。享年53歳。
信玄公の義理の兄弟、下條家出身の六世裕教法印が長岳寺の住職を務めていた関係で信玄公の遺骸が長岳寺に運び入れられたが、兵は影武者をたて、信玄公は生きているとし、古府中に帰った。その後、長岳寺を守っていた馬場美濃守、原備前、高坂弾正、下條伊豆守等の武将により、お骨にしてこっそり持ち帰られた。
昭和49年4月、信玄公400年祭の折、その火葬塚より火葬灰を境内に移し、信玄公の供養塔として山梨県の由緒の者等及び当地の有志により、十三重塔が建立された。
現在、長野県飯田合同庁舎が建つあたりの曲輪です（追手町2丁目）。桜丸御門（赤門）を正面の入口として、白塀と御亭堀（おちんぼり：水堀）で区画された内が、桜丸（桜の丸）でした。飯田城跡にただ一つ残る建物である桜丸御門（赤門）は、1754年（宝暦4）に建てられたものです。そのほかの屋敷の様子は、残っている平面図から詳しく知ることができます。東南すみには茶室、東すみには青霞楼という建物があったことなどがわかります。
なお、桜丸跡には、1872年（明治5）に筑摩県の郡役所になって以来、役所や裁判所などがおかれました。
出丸は、現在、飯田市立追手町小学校が建つ曲輪です。三の丸の御広庭の突き当たりにあった鐘の門（出丸御門・三ノ門）を入口とし、弧を描く水堀―欅堀（槻堀）で区画された内が出丸でした。本来、出丸というのは、外部の敵に攻撃を仕掛けるために、城本体の外側に張り出すように設けられた曲輪のことです。【飯田城ガイドブックより】
美術博物館などがある一帯の曲輪です（追手町2丁目）。 江戸時代の終わりごろになると、堀氏の家老安富家の屋敷（本城道南側の西半分）のほかは、多くがお花畑となり、櫓も南の1棟のみとなりました。先の城米倉は宝蔵として使われましたが、1976年（昭和51）までその建物が残っていました。
【飯田城ガイドブックより】
現在、長姫神社や柳田國男館・日夏耿之介記念館などが建つ一帯の曲輪です（追手町2丁目）。
本丸御門（一ノ門）をくぐると、飯田藩主の本丸御殿（御殿と奥御殿）がありました。平屋建てを主とした建物群で、1872年（明治5）の図面（「御本丸建家惣絵図」）によれば、建物の広さは412坪、畳は524畳半もあったと記録されています。
本丸の周囲は白塀で囲まれ、北側には石垣が巡り、南と北東の隅には櫓が2棟ありました。本丸御門を入ったすぐ右手から、御殿南側をまわって埋門（うずみもん）を抜け、山伏丸へと通じる通路がありました。そして、南には水汲門と番所があり、ここから下りる道は、崖下にある水の手番へと通じていました。段丘崩には、飯田城の別名「三本杉城」、「六本杉城」のように、杉やケヤキなどの大木がしげっていました。
尚、柳田國男館と日夏耿之介記念館の建築前の発掘調査では、柳田館の位置から石組みの大きな池の跡、日夏館の位置からは太い柱の跡が見つかっています。
最も東はしの曲輪です。眺めがよく、遠くに伊那山脈と南アルプス（赤石山脈）を望むことができます。現在、我らが三宜亭本館が建っています。城の両側には天然の断崖をもち、敵が本丸を攻める場合、いくつもの曲輪を突破しなければなりません。その上、それぞれの曲輪の入口には敵がまっすぐ進めないように、通路を土塁でカギの手にまげた枡形がつくられていました。また、本丸の南側崖下には水の手番と水堀があり、北側崖下の谷川沿いにも水堀が並んでいました。
このように、飯田城は大変守りの堅い城と言うことができます。
◆全体
標高を比べてみると、城下町から城内に入り、三の丸から二の丸、さらに本丸に行くほど低くなります。こうした形は小諸城（小諸市）にも見られますが、江戸時代の多くの城が城下町の上にそびえているのとは大きく異なります。戦国時代の防御用の平山城を引き継いで整備したところに、飯田城の大きな特徴があるといってよいでしょう。
